Das Menü Optionen enthält folgende Befehle:
| Grafikoptionen | Voreinstellungen für grafische Ausgaben. |
| Analyseoptionen | Voreinstellungen für automatische Analysen. |
| Textoptionen | Voreinstellungen zur Beibehaltung der Formatierung bei den klassischen Verschlüsselungsverfahren. |
| Startoptionen | Voreinstellungen für den Programmstart von CrypTool. |
| Weitere Optionen | Erweiterbar: Zur Zeit Optionen für die Diffie-Hellman-Demonstration |